В письменных источниках монастырь упоминается с 1317 года. Основная часть современного архитектурного комплекса монастыря была сооружена в XVII—XVIII веках. Самым старым храмом на территории монастыря является Храм Святителя Петра, построенный Алевизом Фрязиным Новым в 1517 году. Нарышкинские палаты построены в конце 17 века по указу Петра I для проживания братии монастыря.

В состав постройки вошли бывшие усадебные дома бояр Нарышкиных, в честь которых палаты и получили название. Долго время палаты являлись одним из самых длинных зданий Москвы.